海水浴などの際、クラゲに触れるとヒトも刺されることがある。クラゲの毒の人体への作用は、クラゲの種類によって非常に異なる。ほとんどのものではなにも感じないが、触れるとちくちくする程度のものから、激しい痛みを与えるもの、呼吸困難や肺水腫などの全身症状を引き起こすものまである。
カツオノエボシやハブクラゲなどは、場合によっては命に関わるとして非常に恐れられる。日本ではお盆過ぎに海水浴場に泳ぎに行くとクラゲにやられるとよく言われるが、主としてアンドンクラゲ(腔腸動物門・立方クラゲ目)による被害である。カギノテクラゲによる刺傷は，刺された部分の痛みは強くないことが多いが，刺されて１時間ほどしてから，筋肉痛，呼吸困難等の症状を起こすことがあり，特に東北地方の日本海側や北海道で恐れられている。その症状は，オーストラリアのイルカンジクラゲが引き起こす，イルカンジ症候群に似ている。対処法は、クラゲ刺傷を参照のこと。
他に、一部のクラゲが急に大発生することがある。大量発生したエチゼンクラゲが漁網にからまって破るなどの被害は現在、漁業上深刻な問題である。大発生したミズクラゲが工場や火力発電所の取水口に詰まるなどの被害を出す場合もある。
