近年日本沿岸で大発生を繰り返しており、巨大な群が漁網に充満するなど、底曵き網や定置網といった、クラゲ漁を目的としない漁業を著しく妨害している。またエチゼンクラゲの毒により、このクラゲと一緒に捕らえられた本来の漁獲の目的となる魚介類の商品価値を下げてしまう被害もでている。1950年代、エチゼンクラゲが津軽海峡まで漂い、時節柄浮遊機雷と誤認されて青函連絡船が運行停止になったことがあった。古くからクラゲ漁を行っていない地域では、販路の確保や将来の漁獲の安定の見込みもないままにクラゲ漁用の漁具や加工設備を膨大な投資を行って整備するわけにもいかず、苦慮している。
大量発生の原因として、産卵地である黄海沿岸の開発進行による富栄養化、海水温上昇などの説が挙げられている。これらは中国の三峡ダムの開発が原因ではないかという仮説が立てられており、国立環境研究所などが検証を始めている。
また当地における魚類の乱獲によって動物性プランクトンがあまってしまい、それを餌とするエチゼンクラゲが大量発生、さらにはエチゼンクラゲの高密度個体群によって魚の卵や稚魚が食害されて、さらに魚類が減るという悪循環のメカニズムになっているのではないかとの指摘がある。いずれも仮説の域を出ておらず、今後の研究の進展が待たれる。
